उनके पार्थिव शरीर को बीजेपी दफ्तर लाया गया था, जहां प्रधानमंत्री नरेंद्र मोदी सहित पार्टी के छोटे-बड़े नेताओं ने उन्हें श्रद्धांजलि दी। राष्ट्रपति और उप राष्ट्रपति ने भी मुंडे को श्रद्धांजलि दी।
उन्हें लालकृष्ण आडवाणी, राजनाथ सिंह, मुरली मनोहर जोशी सहित कई पार्टी नेताओं ने श्रद्धांजलि दी। इसके साथ राहुल गांधी, रामविलास पासवान, जेडीयू के शरद पवार भी मुंडे को श्रद्धांजलि देने बीजेपी दफ्तर पहुंचे। इनके अलावा राष्ट्रीय स्वयंसेवक संघ (आरएसएस) प्रमुख मोहन भागवत भी पुष्पांजलि अर्पित करने पहुंचे।
मुंडे के शव का दिल्ली के एम्स अस्पताल में पोस्टमॉर्टम हो चुका है, जिसके मुताबिक उनकी मृत्यु दिल का दौरा पड़ने से हुई। उनके परिवार के सदस्य सुबह ही दिल्ली पहुंच गए थे। इसके साथ ही मुंडे के सम्मान में सभी सरकारी दफ्तरों पर लगे राष्ट्रीय झंडे को आधा झुका दिया गया था। बुधवार को राजकीय सम्मान के साथ उनके गृह ज़िले और संसदीय क्षेत्र बीड़ में उनका अंतिम संस्कार होगा।
केंद्रीय मंत्रिमंडल में श्री मुंडे के सहयोगी नितिन गडकरी ने बताया कि श्री मुंडे दिल्ली हवाईअड्डा जाने के लिए निकले थे, और सुबह करीब 6:20 बजे उनकी कार को पृथ्वीराज रोड तथा अरविंदो मार्ग के बीच एक अन्य कार (इंडिका) ने टक्कर मार दी। इसके बाद उनके निजी सहायक तथा निजी ड्राइवर उन्हें एम्स ट्रॉमा सेंटर ले गए।
हालांकि दुर्घटना में मुंडे को किसी तरह की प्रत्यक्ष चोट नहीं आई, लेकिन लगता है कि वह दुर्घटना की वजह से लगे सदमे को वह नहीं झेल पाए, और उन्हें दिल का दौरा पड़ा था। मुंडे ने हादसे के बाद कार की अगली सीट पर बैठे अपने सुरक्षाकर्मी से पानी मांगा और कहा कि उन्हें तुरंत अस्पताल ले जाएं।
दुर्घटना के बाद मुंडे को उनके निजी सहायक और चालक द्वारा अखिल भारतीय आयुर्विज्ञान संस्थान के अभिघात केंद्र ले जाया गया। एम्स के एक डाक्टर ने बताया कि जब मुंडे को अस्पताल लाया गया तो उनकी नब्ज नहीं चल रही थी, रक्तचाप नहीं था और उनका दिल भी रुक चुका था। तमाम प्रयासों के बावजूद मुंडे के शरीर में जान नहीं लौटी और उन्हें मृत घोषित कर दिया गया।
उन्होंने बताया कि मुंडे का अंतिम संस्कार राजकीय नियमों के साथ मराठवाड़ा के बीड जिले के वर्ली गांव में बुधवार को किया जाएगा। उनका शव विशेष विमान से लातूर जिले में ले जाया जाएगा। वहां से अंतिम संस्कार के लिए उनके शव को वर्ली गांव ले जाया जाएगा। दुर्घटना के बारे में चिकित्सकों ने सबसे पहले केंद्रीय स्वास्थ्य मंत्री डॉक्टर हर्षवर्द्धन को बताया।
गोपीनाथ मुंडे के सम्मान में आज दिल्ली, राज्यों की राजधानियों और केंद्र शासित प्रदेशों में राष्ट्रीय ध्वज आधा झुका रहेगा। मुंडे के निधन से महाराष्ट्रै समेत देशभर में शोक की लहर दौड़ गई है. राष्ट्रोपति प्रणब मुखर्जी और प्रधानमंत्री नरेंद्र मोदी सहित तमाम राजनीतिक हस्तियों ने मुंडे के निधन पर शोक जताया है।